会社やサイトの信頼性を高めるため企業・商用サイトが独自ドメインを必要とすることはもちろんですが、個人のブログや趣味のページであってもドメインを取得すると様々なメリットがあるので、プロバイダやサーバー業者から無料で貰えるサブドメインでの運営は出来るだけ避けてください。
費用的には.comなどは年間で1,000円程度なのですから、サーバー費用に比べれば安いものです。
ではどこで取得するのがいいのでしょうか。
避けなくてはいけないのは自社のサーバーなどのサービスでしか使えないところ、移管出来ない或いは移管するのに費用がかかる会社です。また、ドメインの登録名義が支払者ではなく、運営会社になるような代行取得や、経営的に信頼出来ないところも避けるべきでしょう。
私がオススメするのは下記の各社です。
バリュードメインですが、こちらはサポートに関してはあまり期待出来ません。（レスポンスも悪く、対応も冷たい）
ただし、ドメインの詳細な設定などに関しては国内でバリュードメインの右に出る会社はありません。私はほとんどのドメインをバリュードメインで取得しています。
その他私が利用している会社です。
リンククラブ
お名前.com
ムームードメイン
ドメイン取得方法の解説
バリュードメイン解説リンククラブ解説
お名前.com解説